Mặc dù thất bại trong cuộc xâm lược thứ nhất, nhưng Hốt Tất Liệt vẫn không bỏ tham vọng nuốt chửng Nhật Bản. Phía Mạc phủ Kamakura cũng thừa biết nhà Nguyên không dễ gì bỏ cuộc, vì thế họ gấp rút chuẩn bị để đối phó với một cuộc xâm lược nữa có thể xảy ra. Nhằm một lần nữa thăm dò Nhật Bản, Hốt Tất Liệt cử đoàn sứ thần gồm năm người đến Kyushu năm 1275, yêu cầu Thiên Hoàng phải thân hành đến Đại Đô để thần phục trước Hoàng đế nhà Nguyên. Đáp lại yêu sách này, Nhiếp chính Hojo Tokimune đã ra lệnh áp giải đoàn sứ thần nhà Nguyên về Kamakura và chém đầu hết cả. Đến năm 1279, một đoàn sứ thần nữa tiếp tục được cử đến với mục đích tương tự và cũng bị chém đầu hết. Mạc phủ Kamakura đã quyết tâm chống lại nhà Nguyên, Nhiếp chính Tokimune đã lệnh cho các lãnh chúa sửa sang, củng cố các thành trì ven biển để chuẩn bị cho một cuộc xâm lược chắc chắn sẽ mạnh mẽ và lớn hơn rất nhiều. Nhật Bản cũng đã xây dựng một phòng tuyến bằng đá khổng lồ dọc theo bờ biển tại Vịnh Hakata - nơi diễn ra trận chiến ác liệt năm 1274. Tuyến phòng thủ này cao từ 1.5-4.5 mét (5-15 ft) và dài đến 25 dặm.